RUSP2

Réseau UniverSud Paris Protéome

rusp2
Membres du réseau

Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB)

http://www-ijpb.versailles.inra.fr/
  • Laboratoire Commun de Biochimie
    Le Laboratoire Commun de Biochime (LCB) de l’IJPB regroupe les équipements essentiels requis pour la biochimie des protéines (expression, extraction, purification, séparation, identification, caractérisation). Le LCB propose aux scientifiques de l'IJPB des protocoles expérimentaux éprouvés, met à la disposition des utilisateurs les consommables les plus courants, développe de nouveaux outils ou méthodes et assure la veille technologique et bibliographique. L'animation du LCB est assurée de façon collégiale et son fonctionnement est encadré par des personnels permanents. L’utilisation des équipements est planifiée et le LCB organise des démonstrations d’équipements ou de méthodologies nouvelles.
  • L’équipe « Physiologie de la Germination »
    Cette équipe s’attache à étudier l’évolution du protéome des graines au cours du stockage à sec (after-ripening, vieillissement) et à l’imbibition (http://www.seed.proteome.com). Les espèces radicalaires telles que les formes actives de l’oxygène et le monoxyde d’azote ont un rôle important dans le maintien de la qualité germinative des graines au travers une régulation post-traductionnelles des protéines (carbonylation, nitration, S-nitrosylation). Les protéines « cibles » de ces radicaux libres sont analysées par électrophorèse 2D et caractérisées par spectrométrie de masse afin d’identifier des candidats originaux impliqués dans le contrôle de la germination.
  • L’équipe « Dynamique et Structure des Corps Lipidiques » (DSCL)
    Cette équipe a à sa disposition un équipement de couplage LC-MS/MS (LCQ Deca à trappe ionique, ThermoElectron) qui sert à l’étude des protéines très hydrophobes qui interviennent dans la mobilisation et la structuration des réserves lipidiques cellulaires. Il s’agit à la fois d’identifier les différentes protéines impliquées, de rechercher d’éventuelles modifications post traductionnelles, de comprendre leur insertion au sein des corps lipidiques par des méthodes de protéomique structurale. Ce travail est réalisé sur des corps lipidiques de graines oléagineuses (Arabidopsis thaliana, colza, Jatropha, arachide), de microorganismes (Yarrowia lipolytica, Saccharomyces cerevisiae, Streptomyces lividans), de cellules animales (LDL du jaune d’œuf). Des collaborations étroites ont été tissées avec la plateforme PAPPSO sur ces thématiques de recherche. Les perspectives de l’équipe concernent des démarches de protéomique fonctionnelle en vue d’identifier les enzymes clefs intervenant dans la mise en place et la mobilisation des réserves dans les corps lipidiques.

Institut de Biochimie et Biophysique Moléculaire et Cellulaire

http://www.ibbmc.u-psud.fr/
L’équipe d’ H. Daniel couple l’utilisation des techniques électrophysiologiques et fluorimétriques sur des préparations in vitro (tranches) pour l’étude de la transmission et de la plasticité synaptique glutamatergique dans le cortex cérébelleux.
Les membres de l’équipe de Chimie des Protéines (récemment fusionnée à l’équipe de Pharmacologie de la Synapse) sont spécialisés dans les approches de type protéomique qualitative et quantitative et notamment dans l’identification des partenaires protéiques de récepteurs présynaptiques métabotropiques du glutamate de type 4 (mGluR4) du cortex cérébelleux de rongeur (projet soutenu par l’ANR 07-NEURO-047-02 avec l’équipe d’Hervé Daniel, IBBMC), mais également dans l’étude de la signalisation RedOx et du stress oxydatif chez des organismes photosynthétiques. En particulier, nous sommes engagés dans un projet visant à comprendre le rôle de la glutathionylation et des glutarédoxines (projet soutenu par l’ANR BLAN08-3-340684) avec les équipes de Stéphane Lemaire, IBP, Orsay, et de Franck Chauvat, CEA Saclay)
Par ailleurs, l’équipe de P. Le Maréchal est sollicitée pour intervenir ponctuellement dans d’autres projets de l’Université Paris-Sud soit en collaboration avec la plate-forme protéomique de l’UFR de Pharmacie soit avec le laboratoire de Spectrométrie de masse de l’ICSN à Gif-sur-Yvette. C’est le cas, par exemple, sur des thématiques de microbiologie telles que l’analyse des protéines de la membrane externe et des protéines secrétées chez Corynebacterium glutamicum (collaboration avec Nicolas Bayan, IBBMC, projet soutenu par l’ANR 07-BLAN-0363-03) ou la production d’antibiotiques par des souches de Streptomyces (collaboration avec Marie-Joëlle Virolle, IGM Orsay, projet soutenu par le PRES Microbiologie).

Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement (LAMBE)

http://www.lambe.univ-evry.fr/
Les activités de recherche de l’équipe « Structure-réactivité de biomolécules : complexes organométalliques et macromoléculaires » du LAMBE s’articulent autour de quatre thèmes, soutenus par un même outil, la spectrométrie de masse. Elles concernent :
  1. l’identification et l’étude structurale de peptides et protéines grâce à la mise en place de méthodologies et de protocoles permettant la caractérisation structurale fine de macromolécules d’intérêt biologique.
  2. l’analyse d’assemblages macromoléculaires biologiques non-covalents. Ce thème est développé en privilégiant des couplages innovants : CE/MS, SPR/MS, marquage oxydatif/MS. Il s’agit plus particulièrement d’étudier des associations de type ADN-polymères synthétiques, protéine-toxines et protéines du complément-polysaccharides bioactifs.
  3. le déchiffrage de voies de signalisation, par l’analyse détaillée de complexes protéiques immuno-purifiés et par des approches de phosphoprotéomique semi-quantitative.
  4. l’étude des processus de cationisation et d’activation de molécules organiques et bio-organiques par des cations métalliques, dans le but de déterminer les propriétés complexantes de certaines substances et de rationaliser les résultats en termes de relation structure-réactivité (spectrométrie de masse et modélisation par des calculs quantiques).
Ces études sont effectuées avec les appareils suivants :
  • Electrophorèse capillaire HP3D (Agilent) couplée à l’Ion Trap Esquire 3000 (Bruker)
  • HPLC Waters couplée au Triple Quadripôle API 2000 (Applied Biosystems)
  • NanoLC (Dionex) couplée au Q-TOF QSTAR PULSAR (Applied Biosystems)
  • NanoLC Ultimate 3000 (Dionex) couplée au LTQ Orbitrap XL (Thermo Fisher Scientific)
  • MALDI-TOF Voyager DE STR (Applied Biosystems)

Plate-forme TransProt

http://www.ipsit.ifr141.u-psud.fr/fr/page/plateformes/22-trans-prot.html
La plate-forme met à la disposition des équipes de recherche, des technologies complémentaires pour l'analyse qualitative et quantitative du transcriptome et du protéome, à partir de tissus et cellules d'origines variées. Elle est ouverte sur le plan régional et national, pour les équipes du site et les équipes extérieures publiques ou privées travaillant sur toutes thématiques de recherche. Elle forme les utilisateurs aux approches "omiques" de la plate-forme, met en oeuvre les stratégies "omiques" avec les utilisateurs et aide à l'interprétation des résultats.
L'activité protéomique de la plate-forme TransProt offre une grande diversité de techniques :
  1. Séparation des protéines par électrophorèse mono ou bidimensionnelle (1D ou 2DE) et coloration des protéines en fluorescence, au nitrate d’argent ou au bleu de Coomassie colloïdal ;
  2. Numérisation des gels par scanners, en fluorescence ou dans le visible ;
  3. Analyse d’images des gels 1D et 2DE avec des logiciels spécialisés permettant l’analyse quantitative des variations du protéome et la mise en évidence de protéines d’intérêt ;
  4. Découpe des spots et digestion automatisées des protéines pour la spectrométrie de masse (robots dédiés) ;
  5. Identification des protéines par spectrométrie de masse nanoLC-MS/MS (Accès également à un spectromètre de masse MALDI-TOF (IBBMC, Orsay)).
Le personnel de l'activité protéomique de la plate-forme TransProt assure des T.P. de M2 et un module de protéomique dans l'école doctorale 'Innovation Thérapeutique'.

Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest

http://pappso.inra.fr/
L'objectif de la Plateforme d'Analyses Protéomiques de Paris Sud Ouest (PAPPSO) est de mettre à disposition des équipes qui s'adressent à elle un équipement, une compétence scientifique, un savoir-faire adaptés aux questions posées, depuis les plus simples (identification de protéines provenant d'un organisme entièrement séquencé) jusqu'aux plus complexes (quantification des variations, dynamique des modifications post-traductionnelles,...), dans le cadre de collaborations et de prestations.
PAPPSO réunit deux plateaux techniques complémentaires, l'un, à Jouy, étant plutôt spécialisé dans les procaryotes, l'autre, au Moulon, dans la biologie végétale. La complémentarité de leurs compétences et équipements permet à PAPPSO de proposer la réalisation d'analyses basées sur la séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle aussi bien que sur des techniques de type « shotgun ».

Service d’Identification et de Caractérisation des Protéines par Spectrométrie de masse (SICaPS)

https://www.imagif.cnrs.fr/plateforme-23-SICaPS.html
Les activités principales de la plateforme sont l’identification et la caractérisation des protéines par spectrométrie de masse. Trois approches analytiques sont proposées en routine en fonction de la nature de l’échantillon: l’empreinte peptidique massique par MALDI, le séquençage de peptides par nanoLC/ESI-MS-MS et la mesure de masse exacte des protéines intactes par infusion directe. Ces analyses sont effectuées sur la plateforme grâce aux spectromètres de masse nanoUPLC/ESI-Q-TOF Premier (Waters) et MALDI-TOF Voyager-DE STR (Applied BioSystems). Récemment le dispositif automatique Nanomate (Advion) a été installé à la place de la source du spectromètre Q-TOF permettant ainsi d’augmenter le débit d’analyse en infusion directe. La plateforme possède également un robot de digestion Progest (Genomics Solutions) dédié à la digestion enzymatique en automatique des bandes ou spots protéiques colorés au bleu de coomassie ou à l’argent.
La plateforme SICaPS fait partie de la plateforme intégrée IMAGIF et est associée à l’IFR115 « Génomes, Transcriptome, Protéomes » . Les utilisateurs de la plateforme sont principalement les chercheurs en biologie du grand campus Gif-sur-Yvette/Orsay. Dans la majorité des cas, les échantillons analysés sont issus d’organismes séquencés. Au sein de la plateforme une activité de développement méthodologique est menée en collaboration avec des chercheurs qui s’intéressent d’une part aux modifications post-traductionnelles des protéines et d’autre part à l’analyse de complexes protéiques. Cette dernière activité concerne en particulier la caractérisation des interfaces d’interaction protéine-protéine et l’analyse des complexes non covalents protéine-protéine ou protéine-ligand.